本院感染科创立于1973年，是国家级住院医师规范化培训专业基地和浙江大学医学院李兰娟院士工作站。设有肝炎、结核病、艾滋病、细菌真菌感染性疾病、抗菌药物合理应用等亚专科。学科拥有市138人才、市青年岗位技术能手等医学人才组成的医疗、教学、科研团队，共有医生12人，其中主任医师4人，副主任医师3人，博士1人，硕士4人。在国家级及省市各专业委员会任职4人共15职数。团队率先在省内建设感染病临床与实验室捆绑式发展模式。学科拥有人工肝支持系统及梅里埃Compact-2微生物鉴定系统，开展血浆置换、血液灌流及顽固性腹水浓缩回输技术和快速病原菌鉴定实验。
病原菌检测水平是感染性疾病成功治疗的关键，感染科的微生物学实验室对病原的检测水平处于丽水市领先水平。微生物实验室成立于1978年，目前微生物实验室主任技师1人，副主任技师1人，主管技师1人，技师3人近年来在微生物分离、培养、鉴定方面取得了很大的发展。率先在临床确诊本市军团菌、组织胞浆菌、登革热病毒、利什曼原虫、星形奴卡菌、马红球菌、猪链球菌、鸟分支杆菌、马尼尔菲青霉菌、H7N9病毒、赛多胞菌等病原导致的感染，为临床抗感染的目标治疗提供强有力依据。
1．各类法定传染病，包括：
甲类传染病：鼠疫、霍乱。
乙类传染病：传染性非典型肺炎、获得性免疫缺陷综合征、病毒性肝炎、脊髓灰质炎、人感染高致病性禽流感、麻疹、流行性出血热、狂犬病、流行性乙型脑炎、登革热、炭疽、细菌性和阿米巴性痢疾、肺结核、伤寒和副伤寒、流行性脑脊髓膜炎、百日咳、白喉、新生儿破伤风、猩红热、布鲁菌病、淋病、梅毒、钩端螺旋体病、血吸虫病、疟疾。
丙类传染病：流行性感冒、流行性腮腺炎、风疹、急性出血性结膜炎、麻风病、流行性和地方性斑疹伤寒、黑热病、包虫病、丝虫病，以及除霍乱、细菌性和阿米巴性痢疾、伤寒和副伤寒以外的感染性腹泻、其它未列入传染病防治法管理的各种传染病与寄生虫病。
2．相关感染性疾病，包括各部位的病原微生物感染，如肺炎、腹腔感染、中枢神经系统感染、皮肤软组织感染、败血症等。
3．不明原因的发热待查病例。
4．各种原因引起的肝功能异常患者，如药物性肝炎、感染中毒性肝炎、理化因素导致的肝功能损害、脂肪性肝病、酒精性肝病，肝硬化、肝衰竭。
丽水市中心医院感染科为李兰娟院士工作站。为浙江大学附属第一医院对接学科，每年有5-10次李兰娟院士工作站的专家团队到本科室进行学术交流指导。
先后参加国家自然科学基金项目2项；主持省级课题2项；市级课题10项。发表SCI收录论文10余篇，中华系列杂志14篇及省级各本专业杂志论文80余篇。获得丽水市科技进步一等奖1次；省级优秀自然科学论文一等奖4次，市级优秀论文9次。国家发明专利2项，实用新型专利4项。年门诊量3万余人次，出院患者1800余人次。丽水市中心医院感染科团队继续以本院为区域性龙头医院为基础，打造一流学科而不断努力。在国家级及省市各专业委员会任职4人共15职数。
